public class CifradoDescifrado {

/** Creates a new instance of CifradoDescifrado */
public static BufferedReader entrada = new BufferedReader (new InputStreamReader (System.in));

public static void main(String[] args)throws IOException {

CesarCod();

}
public static void CesarCod()throws IOException{

char [] palabraV = {'a','b','c','d','e','f','g','h','i','j','k','l','m','n','o','p','q','r','s','t','u','v','w',
'x','y','z'};
String palabraN="";
int clave=0;

System.out.println("Digite la palabra que desea cifrar: ");
String palabra = entrada.readLine();
palabra = palabra.toLowerCase();
System.out.println("Digite la clave para codificar entre 1 y 24): ");
clave = Integer.parseInt(entrada.readLine());

if(clave > 0){

for (int i=0;i < j="0;j">= 26){
int temp = j+clave;
int tmp = temp-26;
palabraN = palabraN.concat(""+palabraV[tmp]);
}else{
palabraN = palabraN.concat(""+palabraV[j+clave]);
}
}

}

}

}else{
System.out.println("Digite un numero correcto de clave");
CesarCod();
}

palabra = palabra.trim();
System.out.println("Su palabra cifrada es: "+palabraN);

}

}

Espero que les sirva, este es solo la codificacion , mas adelante explicare como decodificarlo.

Mas informacion e historia aqui.

Saludos : )